Conda 基本使用

Published

2026-01-22

1 Conda 介紹

Conda 是一個跨平台的套件管理與環境管理系統（package & environment manager），廣泛用於安裝和管理 Python、R、生物資訊工具（如 samtools、fastp、bwa）以及資料科學套件。它能為每個專案建立獨立的軟體環境，避免不同工具之間的版本衝突，並大幅提升分析流程的 可重現性（reproducibility）。

Conda 本身是一個 CLI 工具（Command-Line Interface tool），可透過指令執行套件安裝、環境建立、版本管理與環境切換。本篇文章將整理常用的 Conda 指令與實務操作，詳細指令請見官方文檔。

此外，Conda 也有一個速度更快、完全相容的替代指令工具 —— mamba。 mamba 使用 C++ 撰寫的求解器（solver），在處理大型生物資訊工具依賴時速度可達到 Conda 的 10–100 倍。本篇內容主要以 Conda 命令為基礎，但實務上強烈建議在生物資訊流程中使用 mamba 執行環境建立與套件安裝，詳細介紹請見 mamba 教學。

2 Conda Channels 介紹

Note

現代生物資訊分析最佳實踐為：直接使用 conda-forge 與 bioconda 兩個 Channels。

Conda 透過 channel（套件來源庫）取得各種可安裝的工具與套件。對生物資訊分析而言，最重要的三個 channel 如下：

Channel 名稱	來源/維護者	主要用途	特點	是否建議使用
conda-forge	社群維護	Python、R、生信依賴、系統函式庫	套件最多、更新快、依賴最乾淨	⭐ 強烈推薦（第一順位）
bioconda	Bioconda 專案	生物資訊工具（samtools/fastp/bwa…）	建立在 conda-forge 之上、專門為生信設計	⭐ 推薦（第二順位）
defaults	Anaconda 官方	一般 Python/R 套件	更新慢、相依性常與生信工具衝突	❌ 不建議使用

3 Conda 發行版整理

Note

現代生信最佳實踐為：直接使用 Miniforge（內含 mamba）。

名稱	來源/維護者	是否包含 mamba	預設 Channel	特點	適用情境
Anaconda	Anaconda 官方	✖	defaults	體積大，預裝大量 Python 科學套件；更新慢、依賴較複雜，不適合生信	初學者入門、教學示範。生信不推薦
Miniconda	Anaconda 官方	✖	defaults	精簡 Conda，但需手動設定 conda-forge/bioconda；易與 defaults 衝突	想自行管理 channels 的使用者
Miniforge（推薦）	conda-forge 社群	✔（內建 mamba）	conda-forge	輕量、乾淨、無 defaults；包含 mamba，適合大型生信環境	⭐ 生信最佳選擇、Snakemake/nf-core、重現性要求高的專案

4 conda –version (查看版本)

使用 --version 或 -V 參數確認是否成功安裝，並顯示版本號。

conda --version
conda -V

conda 25.11.0
conda 25.11.0

5 conda create (建立新環境)

-n 代表創建環境名稱， -y 代表直接確認下載 (yes)， -f 是透過指定 YAML file 建立環境

conda create -n myenv python=3.10 -y

6 conda activate (啟動環境)

需先進入環境才能使用該環境安裝之套件

conda activate myenv

7 conda install (安裝套件)

於該環境內安裝套件會獨立於其他環境

conda install numpy -y

8 conda remove (移除套件)

移除該環境的套件，-y 表示直接確認，就不用再終端確認並輸入 yes

conda remove numpy -y

9 conda deactivate (離開環境)

回到 base 環境

conda deactivate

10 conda env (環境相關指令)

與 conda 環境相關的指令，-h 有詳細解釋相關用法

conda env -h

10.1 conda env export (匯出環境至YAML)

將環境 YAML 匯出可以進入版本控制，也能夠後續透過該 YAML 重建一樣的環境

conda env export > output.yaml

10.2 conda env create (透過YAML建立環境)

環境名稱會是 YAML 的 name 參數

conda env create -f ./conda/envs.yaml

10.3 conda env remove (刪除環境)

-n 指定待刪除環境名稱

conda env remove -n myenv -y

10.4 conda env list (列出所有環境)

* 表示當前環境

conda env list

# conda environments:
#
# * -> active
# + -> frozen
base                     /home/benson/miniforge3
myenv                    /home/benson/miniforge3/envs/myenv
quarto-test-env      *   /home/benson/miniforge3/envs/quarto-test-env

11 conda list (查看下載之套件)

11.1 conda list –show-channel-urls (查看套件的來源)

會匯出該環境套件之版本號、build string 與 Channel來源。 build string 表示該套件是用什麼編譯器、什麼設定、在什麼平台下編譯出來的版本。

conda list --show-channel-urls

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# packages in environment at /home/benson/miniforge3/envs/quarto-test-env:
#
# Name                           Version          Build                 Channel
_libgcc_mutex                    0.1              conda_forge           conda-forge
_openmp_mutex                    4.5              2_gnu                 conda-forge
_r-mutex                         1.0.1            anacondar_1           conda-forge
alsa-lib                         1.2.15.1         hb03c661_0            conda-forge
anyio                            4.12.0           pyhcf101f3_0          conda-forge
argon2-cffi                      25.1.0           pyhd8ed1ab_0          conda-forge
argon2-cffi-bindings             25.1.0           py310h7c4b9e2_2       conda-forge
arrow                            1.4.0            pyhcf101f3_0          conda-forge
asttokens                        3.0.1            pyhd8ed1ab_0          conda-forge
async-lru                        2.0.5            pyh29332c3_0          conda-forge

11.2 conda list –explicit (查看套件的詳細url)

詳細來源也可以使用 --explicit 輸出 url，基本上能 100% 重建環境

conda list --explicit

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# This file may be used to create an environment using:
# $ conda create --name <env> --file <this file>
# platform: linux-64
# created-by: conda 25.11.0
@EXPLICIT
https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/_libgcc_mutex-0.1-conda_forge.tar.bz2
https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch/_r-mutex-1.0.1-anacondar_1.tar.bz2
https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch/ca-certificates-2025.11.12-hbd8a1cb_0.conda
https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/dart-sass-1.59.1-ha770c72_0.conda
https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/esbuild-0.27.2-hfc2019e_0.conda
https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch/font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37-hab24e00_0.tar.bz2
https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch/font-ttf-inconsolata-3.000-h77eed37_0.tar.bz2
https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch/font-ttf-source-code-pro-2.038-h77eed37_0.tar.bz2
https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch/font-ttf-ubuntu-0.83-h77eed37_3.conda
https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch/kernel-headers_linux-64-5.14.0-he073ed8_3.conda

11.3 Tips: 輸出當前環境

完整記錄當前執行的 Conda 環境，有助於分析重現、版本追蹤與錯誤排查。

echo "======================================="
echo "Conda Environment: $(conda env list | grep '*' | awk '{print $1}')"
echo "======================================="
conda list

=======================================
Conda Environment: #
quarto-test-env
=======================================
# packages in environment at /home/benson/miniforge3/envs/quarto-test-env:
#
# Name                           Version          Build                 Channel
_libgcc_mutex                    0.1              conda_forge           conda-forge
_openmp_mutex                    4.5              2_gnu                 conda-forge
_r-mutex                         1.0.1            anacondar_1           conda-forge
alsa-lib                         1.2.15.1         hb03c661_0            conda-forge
anyio                            4.12.0           pyhcf101f3_0          conda-forge

12 conda –help (詳細指令)

顯示 conda 的主要參數與使用說明，適合作為快速查詢用途。

conda --help

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usage: conda [-h] [-v] [--no-plugins] [-V] COMMAND ...

conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.

options:
  -h, --help            Show this help message and exit.
  -v, --verbose         Can be used multiple times. Once for detailed output, twice for INFO logging, thrice for DEBUG logging, four times for TRACE logging.
  --no-plugins          Disable all plugins that are not built into conda.
  -V, --version         Show the conda version number and exit.

commands:
  The following built-in and plugins subcommands are available.

  COMMAND
    activate            Activate a conda environment.
    clean               Remove unused packages and caches.
    commands            List all available conda subcommands (including those from plugins). Generally only used by tab-completion.
    compare             Compare packages between conda environments.
    config              Modify configuration values in .condarc.
    create              Create a new conda environment from a list of specified packages.
    deactivate          Deactivate the current active conda environment.
    doctor              Display a health report for your environment.
    env                 Create and manage conda environments.
    export              Export a given environment
    info                Display information about current conda install.
    init                Initialize conda for shell interaction.
    install             Install a list of packages into a specified conda environment.
    list                List installed packages in a conda environment.
    menuinst            A subcommand for installing and removing shortcuts via menuinst.
    notices             Retrieve latest channel notifications.
    package             Create low-level conda packages. (EXPERIMENTAL)
    remove (uninstall)  Remove a list of packages from a specified conda environment.
    rename              Rename an existing environment.
    repoquery           Advanced search for repodata.
    run                 Run an executable in a conda environment.
    search              Search for packages and display associated information using the MatchSpec format.
    update (upgrade)    Update conda packages to the latest compatible version.